"96 Dakika" filmi, mesleğini geçmişte yaşadığı trajik bir olay yüzünden bırakmış eski bomba imha uzmanı Song Kang-ren'in (Austin Lin) hikayesini konu alıyor. Kang-ren, eşiyle birlikte bindiği yüksek hızlı trende sofistike bir patlayıcı olduğunu keşfeder. Trenin varış noktasına kadar yalnızca 96 dakikası vardır ve bomba, tren durduğu anda patlayacak şekilde ayarlanmıştır. Yüzlerce yolcunun hayatı tehlikedeyken, Kang-ren hem zamana karşı fiziksel bir mücadele verir hem de üç yıl önce üstü örtülen karanlık gerçeklerle yüzleşmek zorunda kalır. Polis memuru olan eşiyle birlikte, kimliği belirsiz bombacıyı durdurmak ve yolcuları kurtarmak için amansız bir yarışa girerler.