Lise öğrencisi Niko Urushizaki, sağlıklı yaşam tarzına bağlılığıyla babasının sağlıksız alışkanlıklarıyla tezat oluşturur. Bu zıtlık, Niko'nun vücudunda geçen animasyonlu bir yolculukla yansıtılır. Mikro dünyasında, oksijeni taşıyan cesur ama biraz sakar kırmızı kan hücresi AE3803 (Mei Nagano), vücudu tehdit eden zararlı bakteriler ve virüslerle sürekli savaşan soğukkanlı beyaz kan hücresi U-1146 (Takeru Satoh) ile birlikte çalışır. AE3803'ün deneyimsizliği, U-1146'nın uzmanlığıyla dengelenirken, her ikisi de Niko'nun sağlığını korumak için iç vücutta epik bir mücadele verir. Film, hücrelerin gözünden hem sağlıklı hem de sağlıksız yaşam tarzlarının beden üzerindeki etkilerini gözler önüne seriyor.