"Gizli Ajan" filmi, 1977 Brezilya'sında, askeri rejimin baskıcı yönetimi altında geçmektedir. Kırklı yaşlarındaki teknoloji tutkunu Marcelo (Wagner Moura), karanlık geçmişinden kaçarak Recife şehrine sığınır. Amacı, uzun zamandır ayrı kaldığı oğluyla yeniden bir araya gelmek ve yeni bir başlangıç yapmaktır. Ancak Marcelo, Karnaval kutlamalarının yarattığı gürültü ve renklerin arasında bile aradığı huzuru bulamaz. Recife, kısa sürede ölüm tehditleri ve komşuların şüpheli bakışlarıyla dolu bir hapishaneye dönüşür. Rejim tarafından "yıkıcı faaliyetler" yürüttüğü gerekçesiyle hedef alınan Marcelo'nun peşine gizli ajanlar düşer. Bu durum, askeri diktatörlüğün şiddetinin ve gözetleme ağının sandığından çok daha derinlere uzandığını anlamasına neden olur. Artık o sadece bir kaçak değil, hayatta kalmak ve sistemin en karanlık köşeleriyle yüzleşmek zorunda olan bir baba ve direnişçidir.