"Revolver Lily" filmi, geçmişte onlarca insanı öldürmüş, soğukkanlılığıyla bilinen eski bir elit casus olan Yuri Sonezaki'nin (Haruka Ayase) hikayesini anlatıyor. Karanlık geçmişini geride bırakıp yeraltı dünyasında bir genelev işleterek sakin bir hayat sürmeye çalışan Yuri'nin huzuru, eski bir meslektaşının şüpheli ölümüyle bozulur. Ölen meslektaşının küçük oğlu, şimdi Japon İmparatorluk Ordusu'nun hedefindedir; çünkü çocuk, ordunun ele geçirmek istediği devasa bir askeri fonun anahtarını taşımaktadır. Yuri, içindeki koruma içgüdüsüne engel olamaz, efsanevi revolverini kuşanır ve çocuğu ordunun acımasız pençesinden kurtarmak için yemin eder. Tokyo sokakları, Yuri'nin hem geçmişindeki günahlarla hesaplaştığı hem de masum bir hayatı korumak adına tek başına bir orduya meydan okuduğu dev bir savaş alanına dönüşür.