Savage Flowers filmi, çocukların vücudunda barınan ve hızla yayılan gizemli bir enfeksiyonun pençesindeki kaotik bir dünyada geçmektedir. Babası tarafından korunan genç bir yetim kız, güvenli bir sığınak arayışıyla derme çatma bir yetimhaneye gönderilir. Başlangıçta burayı bir kurtuluş limanı olarak algılasa da, çok geçmeden asıl dehşetin dışarıdaki hastalıklı dünya olmadığını, yetimhanenin köhne duvarları arasında hüküm süren acımasız bir hiyerarşi, kendi kurallarını koymuş kızlar, karanlık sırlar ve güç hırsı olduğunu anlar. Genç kız, bu kapalı ve düşmanca toplumda hayatta kalmak için mücadele etmek zorunda kalır.